Afin d’organiser les activités et de faciliter son administration la gouvernance de Pulsy est structurée en cinq parties constituant au total quatorze collèges :
- Institutionnel : l'Agence Régionale de Santé Grand Est, les Caisses Primaires d'Assurance Maladie, le Conseil Régional, les Conseils Départementaux et les Établissements Publics de Coopération Intercommunale ;
- Sanitaire : des établissements publics, des établissements privés à but lucratif, des établissements privés sans but lucratif ;
- Libéral : l'Union Régionale des Professionnels de Santé médecins libéraux, des personnes morales participant à la réalisation d’une activité de médecine libérale, et les autres Unions Régionales des Professionnels de Santé (infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, orthophonistes, pédicures-podologues, pharmaciens) ;
- Médico-social : des établissements et services médico-sociaux publics et privés ;
- Usagers : structures, associations et personnes morales représentant les usagers du système de santé.
Chacun des membres est affecté à l’un des collèges en fonction de sa nature juridique et de son activité.